Niccolò Manzolini nasce a Milano nel 1979.
Nel 1998 si trasferisce a Bologna dove inizia la sua attività in campo audiovisivo.

Ha frequentato per tre anni IpotesiCinema, scuola di cinema fondata e coordinata da Ermanno Olmi, dal 2001 trasferitasi presso la Cineteca di Bologna.

In collaborazione con IpotesiCinema ha sviluppato e partecipato a numerosi progetti audiovisivi, personali o collettivi. Prima come operatore video, successivamente come montatore, e infine come autore e animatore partecipa alla lavorazione di documentari e fiction.

Dal 2002 collabora con la Cineteca di Bologna, per conto della quale realizza documentari e prodotti audiovisivi. Per la Cineteca ha curato anche laboratori didattici e formativi sul linguaggio cinematografico.

Nel 2005 ha fondato lo studio di produzione audiovisiva Seiperdue, per conto del quale si occupa di regia, montaggio video e motion-graphic.

Tra il 2005 e il 2007 ha vissuto tra Lisbona e Marsiglia. A Marsiglia ha lavorato come tecnico presso il centro di produzione audiovisiva Polygone Etoilé e collaborato come direttore di produzione per la casa di produzione cinematografica Shellac.

A Marsiglia, ha avviato nel 2007 la scrittura del film Figli dei rospi, prodotto tra il 2010 e il 2011 dalla francese Batoutos e co-prodotto in Italia da Seiperdue e Artimedia. Il film, docu-fiction in uscita nel 2012, ha conseguito svariati riconoscimenti economici, ottenendo in Francia tra gli altri il COSIP, contributo del Centre National de la Cinématographie e il fondo regionale per il cinema della Région PACA, e in Italia il Film Fund dell’Apulia Film Commission e il GECO della Bologna Film Commission.